Drugi del: Pogoste različice tveganja pri NPHS1 in TNFSF15 so povezane z otroškim na steroide občutljivim nefrotskim sindromom

Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-pošta:audrey.hu@wecistanche.com

Kliknite tukaj za prvi del

Varianca, pojasnjena z vsemi avtosomnimi različicami v trenutni študiji

Opažena dednost SSNS v otroštvu, razložena z različicami celotnega genoma, je bila ocenjena na 41,1 odstotka (14.0 odstotkov). Dednost na lestvici odgovornosti je bila 14,8 odstotka (5.0 odstotkov), ob predpostavki, da je populacijska razširjenost 0.016 odstotkov. Ob upoštevanju močne povezanosti regije HLA je bila opazovana dednost ocenjena na 31,6 odstotka (13,6 odstotka), po transformaciji pa je postala 11,4 odstotka (4,9 odstotka), ko so bile različice na kromosomu 6 izključene. Pogoste različice (MAF > 5 odstotkov) so pojasnile 88–90 odstotkov dednosti bolezni (dodatna tabela S21; dodatna slika S10).

Cistanche lahko pomaga pri nefrotskem sindromu

DISKUSIJA

Trenutni japonski GWAS z največjo velikostjo vzorca do sedaj in replikacijo v več kontinentalnih populacijah je identificiral običajne različice v regijah NPHS1 in TNFSF15 kot nove dejavnike občutljivosti za SSNS v otroštvu. Post-GWAS analiza lokusa kromosoma 19 je odkrila potencialni transkripcijski mehanizem, s katerim lahko haplotip tveganja NPHS1 prispeva k bolezni. Nazadnje je večja velikost vzorca omogočila dodatno natančno preslikavo predhodno vpletenih lokusov HLA.16 Skupaj te ugotovitve opazno širijo in izboljšujejo naše razumevanje genetskega ozadja SSNS v otroštvu. Identificirajo nefrin, proinflamatornega citokinskega faktorja tumorske nekroze, člana superdružine 15 (TNFSF15), in z njim povezane molekule kot nove tarče za biološko preiskavo za boljše razumevanje SSNS in potencialno za terapevtski razvoj. Nazadnje, povezava s pogostimi različicami v lokusu NPHS1 zagotavlja še en primer, ki kaže, da lahko geni mendelske bolezni ledvic vsebujejo različice občutljivosti za pogostejšo večfaktorsko bolezen (SSNS).

Redke mutacije v NPHS1 povzročajo prirojenonefrotski sindromfinskega tipa, redek monogennefrotski sindrom that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>T) v eksonu 3. Pred tem so Sun et al. poročali o višji pogostnosti manjšega alela rs2285450 v kitajskih sporadičnihnefrotski sindrombolnikih iz Singapurja kot pri kontrolnih skupinah (20 odstotkov v primerjavi s 13 odstotki, P=0,025) in pokazala, da je alel tveganja povzročil zmanjšano sposobnost zaviranja tokov TRPC6 v celicah HEK293-M1 prek patch- objemka,kar bi lahko pojasnilo dovzetnost za proteinurijo. 27, 28 Ta študija zagotavlja neodvisno podporo za rs2285450 kot dejavnik tveganja za SSNS in predlaga alternativni mehanizem za dovzetnost zanefrotski sindromzahteva nadaljnjo preiskavo.

Z uporabo seznanjenih človeških genetskih in glomerulnih transkriptomskih podatkov nismo opazili razlik v celotnem izražanju NPHS1 kot funkciji tega haplotipa tveganja. Vendar pa so podatki RNA-seq omogočili opazovanje pomembnega ASE, kar je povzročilo nižjo ekspresijo NPHS1 iz haplotipa, ki vsebuje alele tveganja (dodatna slika S11). Številne različice tveganja na tem mestu so bile sinonim za eksonične spremembe v NPHS1. Zato smo se bolj osredotočili na NPHS1 in nismo nadaljevali razprave o vlogi KIRREL2 v možnih mehanizmih bolezni. Prihodnje delo bi moralo vključevati: (i) validacijo tega opazovanja pri dodatnih bolnikih s podatki o genotipizaciji in izražanju ledvic; in (ii) pridobitev mehaničnega razumevanja, kako ta ASE NPHS1 prispeva k ali povzroča povezavo s SSN, ki smo jo opazili. Potencialne hipoteze o disfunkciji vključujejo: (i) povečano obremenitev celice za proizvodnjo potrebne količine nefrina iz referenčnega kromosoma, kar vodi do celičnega stresa in povečane dovzetnosti za poškodbe; in (ii) potencialno disfunkcionalen protein nefrin, proizveden iz tveganega haplotipa (npr. prek diferencialnih posttranslacijskih modifikacij), kar ima za posledico nenormalno pregrado glomerulne filtracije.

Genetski polimorfizmi na lokusu 9q32 so povezani z več avtoimunskimi in vnetnimi boleznimi. 23, 29–31 Najverjetnejši gen, ki povzroča bolezen znotraj 9q32, je TNFSF15, ki kodira TNFSF15. V tej študiji je bila pomembna povezava rs4979462 neodvisno ponovljena in dodatno okrepljena s transetnično metaanalizo. Pred tem sta Hitomi et al.32 identificirala rs4979462 kot funkcionalno različico s funkcionalno analizo in vitro z uporabo luciferaze in elektroforetskega preskusa premika mobilnosti. Test super-shift je pojasnil, da je alel tveganja (T) rs4979462 ustvaril novo vezavno mesto za NF-1.32 Poleg tega je več poročil pokazalo, da alel tveganja rs4979432 vpliva na raven izražanja mRNA TNFSF15.30, 32 Potrebne so nadaljnje študije za potrditev povezave TNFSF15 s SSNS pri otrocih.

V tej študiji so bile različice v lokusih NPHS1 in TNFSF15 identificirane in ponovljene predvsem v vzhodnoazijskih (japonskih in korejskih) in južnoazijskih populacijah, pri katerih so poročali o večji incidenci bolezni. Nasprotno pa so bile pogostnosti alelov tveganja kandidatnih SNP-jev v NPHS1 redke pri ljudeh evropskega porekla (tabela 1). Te ugotovitve lahko delno pojasnijo epidemiološke razlike med populacijami z vidika polimorfizmov, povezanih z boleznijo. Ta razlika je dodatno ponazorjena z odsotnostjo pomembnih signalov v našem japonskem naboru podatkov v regijah CALHM6/FAM26F in PARM1, ki so bili odkriti v homogeni kohorti evropskega porekla.15,17

S prevladujočim prispevkom genov HLA-DR/DQ so bili nabori genov proteinskega kompleksa razreda II glavnega histokompatibilnega kompleksa in aktivnosti receptorjev glavnega kompleksa histokompatibilnosti razreda II močno povezani z boleznijo. Prirojeni imunski odziv je bil prav tako opredeljen kot pomemben nabor genov z zmernim učinkom. Prirojeni imunski sistem, vključno z aktivacijo poklicnih celic (celice, ki predstavljajo antigen in celice B/Tollu podobni receptorji), kot tudi adaptivni imunski sistem, v katerem imajo molekule HLA ključno vlogo, je vključen v proces bolezni in odziv. na zdravljenje.33,34

Približno 90 odstotkov dednosti SSNS v otroštvu so prispevale običajne različice, čeprav so bile upoštevane tudi različice z relativno redkimi frekvencami alelov (MAF: 0,5 odstotka –5 odstotkov). Vendar velik delež dednosti bolezni ostaja nepojasnjen. Druge različice, povezane z boleznijo, v regijah, ki niso HLA, bi lahko odkrile prihodnje študije celotnega genoma z večjimi velikostmi vzorcev, zlasti za bolnike evropskih in drugih ne-vzhodnoazijskih prednikov, saj so polimorfizmi, povezani z boleznijo, v regijah, ki niso HLA, še vedno v veliki meri neznano.

V tej študiji so velikosti vzorcev v replikacijskih kohortah z različnimi predniki omejile moč za replikacijo signalov z manjšimi velikostmi učinka. Stratifikacija populacije lahko obstaja v fazi replikacije zaradi pomanjkanja prilagajanja. Poleg tega so lahko med primeri in kontrolami nastopili učinki serije, ko so bile frekvence alelov iz javnih baz podatkov uporabljene kot kontrole, ki se ujemajo s populacijo.

Če povzamemo, odkritja tukaj zagotavljajo nove lokuse SSNS. Lokus NPHS1 zlasti zagotavlja provokativen nov koncept za patogenezo bolezni, povezuje in krepi nastajajočo paradigmo v nefrologiji – v nekaterih genih, ki vsebujejo mendelske različice, lahko pogostejši aleli povečajo dovzetnost za multifaktorske, poligenske bolezni, kot je bilo prej dokazano za UMOD, COL4A3 in NPHS2.26,35-41 Končno, trenutne ugotovitve znova poudarjajo pomen izvajanja genomskih raziskav v različnih populacijah. S tem smo odkrili specifične SNP-je, ki bodo verjetno imeli večji vpliv na vzhodno- in južnoazijsko populacijo, hkrati pa identificirali gene in lokuse, ki so lahko pomembni v vseh populacijah, za katere bi bili statistično slepi, če bi uporabili evropsko odkrito kohorto.

METODE

Za dodatne podrobnosti glejte Dodatne metode.

Vzorci: V fazi odkritja je 1018 japonskih bolnikov z diagnozo SSNS v otroštvu (starost začetka<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotipizacija in imputacija celotnega genoma v fazi odkritja

V fazi odkritja je bilo genotipiziranih 1018 primerov in 3331 kontrol z nizom Affymetrix Japonica.42 Devetnajst vzorcev je bilo izločenih zaradi nizke stopnje klicev (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. Kontrola kakovosti je bila izvedena z uporabo naslednjega praga: posamezna manjkajoča stopnja<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{0}}.1875. Analiza glavnih komponent je bila izvedena z uporabo analize kompleksnih lastnosti celotnega genoma (različica 1.26.0)44 za primere, kontrole in podatke faze III HapMap (113 CEU [prebivalstvo severozahodne Evrope], 113 YRI [Joruba v

Ibadan, Nigerija], 84 CHB [Kitajci Han v Pekingu na Kitajskem] in 86 JPT [Japonsko prebivalstvo v Tokiu na Japonskem]); vzorci, identificirani kot izstopajoči, so bili izključeni (dodatna slika S1A–E).

Asociacijske analize celotnega genoma v fazi odkritja

Asociacijske analize celotnega genoma in pogojne analize, ki temeljijo na enojni nukleotidni različici, so bile izvedene z uporabo logistične regresije, s prilagoditvijo za spol in prve 4 glavne komponente (PC1 do PC4) s PLINK 1.9. Paket r "qqman" je bil uporabljen za ustvarjanje ploskev Manhattan in QQ. Regionalne ploskve so bile ustvarjene z uporabo Locuszoom (1000 genomov november 2014 ASN je bil uporabljen kot referenca neravnovesja povezave).45

Genski test in analiza genskega niza

Testi na podlagi genov in analize genskega niza so bili izvedeni z MAGMA v1.646 (implementirano prek FUMA47). Zbirka podatkov Genotype-Tissue Expression (GTEx)48 in brskalnik NephVS eQTL (NephQTL)21 sta bila uporabljena za iskanje eQTL-jev, ki vplivajo na izražanje različnih genov v različnih tkivih in tkivih, specifičnih za ledvice.

Replikacija kandidatnih SNP

Replikacija je bila izvedena v več populacijah. Udeleženci v korejskem naboru podatkov so bili izbrani iz Južne Koreje. Kohorta MWPNC je vključevala 181 bolnikov južnoazijskega porekla, rekrutiranih iz ZDA in Šrilanke, 158 pacientov afriškega porekla, rekrutiranih iz

Slika 4| Ekspresija glomerularne mRNA NPHS1 vNefrotski sindromŠtudijska mreža (NEPTUNE) kohorta. (a) Fragmenti NPHS1 na milijon kilobaznih ekspresij, ki primerjajo vzorce s haplotipom tveganja NPHS1 in brez njega. Vzorci s haplotipom tveganja NPHS1 ne kažejo bistveno različnih stopenj izražanja (Wilcoxonov test, P ¼ 0.39). (b) Ekspresija, specifična za alele (ASE), primerjava vzorcev s haplotipom tveganja NPHS1 v primerjavi s haplotipom brez njega. ASE ¼ |0.5 – (haplotip A / skupno branje)|. Pri bolnikih z aleli tveganja haplotip A skriva vseh 5 različic tveganja NPHS1; pri bolnikih brez haplotipa tveganja je haplotip A naključno izbran izmed enega od njihovih dveh haplotipov. Vzorci z manj kot 2 heterozigotnima enonukleotidnima polimorfizmoma ali v spodnjih 10 odstotkih skupnega števila so označeni sivo. Vzorci s haplotipom tveganja NPHS1 kažejo pomembno izražanje, specifično za alele, z nižjo izraženostjo haplotipa tveganja (Wilcoxonov test, P=9,3E–4). CPM se šteje na milijon.

ZDA in Nigerije ter 63 evropskih in 27 hispanskih bolnikov je bilo izbranih iz ZDA. Kohorta NEPHROVIR je vključevala 132 eu-evropskih, 56 afriških in 85 magrebskih otrok s SSNS, rekrutiranih na območju Pariza; 2000 evropskih kontrol iz 3 mest in 454 kontrol iz afriške kohorte 1000G oziroma 261 maroških kontrol je bilo uporabljenih kot kontrole, ki se ujemajo s populacijo. Italijansko in špansko (ItSpa) kohorto je sestavljalo 112 evropskih bolnikov iz Italije in Španije ter 552 kontrol iz evropske kohorte 1000G. Podrobne informacije o naborih podatkov vsake populacije so prikazane v dopolnilnih metodah in tabeli 1.

V fazi replikacije je bila izvedena logistična regresija v korejskem naboru podatkov z uporabo podatkov o posameznem genotipu. Vrednosti P so bile izračunane s Pearsonovim testom c2 ali Fisherjevim natančnim testom v kohorti MWPNC in javnih zbirkah podatkov. Za celico ¼ 0 v testu c2 je bila 0.5 dodana vsaki od 4 celic za izračun OR-jev, standardne napake (SE) in 95-odstotnega intervala zaupanja. V zbirkah podatkov NEPHROVIR in ItSpa so bile asociacijske analize izvedene po aditivnem modelu.

Transetnična metaanaliza

Transetnična meta-analiza je bila izvedena z metodo inverzne variance, ki temelji na modelih s fiksnimi ali naključnimi učinki z "META."49 Heterogenost je bila upoštevana, ko je Cochranov Q test imel P-vrednost < 0.10.="" pita="">< 5e–08="" je="" veljal="" za="" prag="" pomembnosti="" za="" celoten="" genom="" za="">

Analiza ASE v kohorti NEPTUNE

Skupna RNA iz biopsij glomerulov in 30X sekvenciranje celotnega genoma je bilo izvedeno na 269 in 625 vzorcih iz NEPTUNE20 (za več podrobnosti glejte dodatne podatke20). Različice na kromosomu 19 so bile filtrirane, pri čemer so bili odstranjeni MAF < 0,0001,="" vstavki="" in="" izbrisi,="" rezultat="" kakovosti="" genotipa="">< 20="" in="" manjkajoči=""> 10 odstotkov. Različice so bile oblikovane z Eagle v2.4.150 na Michigan Imputation Server51 z uporabo referenčne plošče 3. faze 1000 genomov.52 Identificirani so bili vzorci, ki vsebujejo vseh 5 alelov tveganja na kromosomu 19 (rs56117924, rs2073901, rs412175, rs2285450 in rs404299). Genska kvantifikacija (Log2CPM) je bila izračunana z metodo normalizacije vrednosti M (TMM), prirezano po edgeR. 53 NPHS1 in okoliška 1KB medgenska regija (chr19: 36,315,274–36,343,895) sta bila posebej osredotočena na bam datoteke. Datoteke bam NPHS1 in fazno sekvenciranje celotnega genoma so bili vneseni v phASER54 za izvedbo faznega določanja haplotipov. Zaradi visoke rekombinacijske vroče točke znotraj NPHS1 smo pri primerjavi različnih referenčnih plošč in metod ugotovili nedosledno faziranje rs2071347 (NPHS1, ekson 26) in ga zato odstranili iz nadaljnjih analiz. Uporabili smo phASER za izračun ekspresije, specifične za haplotip, s seštevanjem števila RNA-seq v vseh heterozigotnih SNP. Vzorci z manj kot 20 skupnimi odčitki po NPHS1 so bili odstranjeni. Za 187 preostalih vzorcev smo izračunali ASE kot j0,5 – (haplotip A / skupni odčitki)j. Pri bolnikih s haplotipom tveganja haplotip A skriva vseh 5 različic tveganja NPHS1; pri bolnikih brez haplotipa tveganja je haplotip A naključno izbran izmed enega od njihovih 2 haplotipov. Nato smo primerjali ASE in ekspresijo genov za vzorce s tipom tveganja in brez njega z Wilcoxonrank-sumtestinR. Skupni odčitki in število podpornih heterozigotnih SNP-jev so se razlikovali med vzorci. Vzorci z nižjo močjo za odkrivanje ASE, manj kot 2 heterozigotna SNP-ja ali v spodnjih 10 odstotkih vseh odčitkov so bili kljub temu vključeni zaradi popolnosti in so označeni kot sive točke na slikah 4a in b.

HLA fino preslikavo

Metode za imputacijo HLA in genotipizacijo HLA so prikazane v dopolnilnih metodah.

Izračun moči

Moč odkritja GWAS (987 primerov in 3206 kontrol) je bila izračunana s paketom R "CATS".55 Ob predpostavki, da je razširjenost bolezni 0.016 odstotkov, je bila študijska moč izračunana ločeno pod aditivni model za različice s frekvenco alelov 0,5 odstotka, 5 odstotkov in 50 odstotkov, s pragom pomembnosti ¼ 5E–08 (dodatna slika S2). Spletni ocenjevalec velikosti vzorca Bioinformatičnega inštituta56 je bil uporabljen za oceno moči replikacije za vsako

kandidat SNP.

Ocene dednosti

Dednost bolezni, pojasnjena z različicami celotnega genoma, je bila ocenjena z analizo kompleksnih lastnosti celotnega genoma43,57 (analiza kompleksnih lastnosti celotnega genoma – metoda LDMS), ob predpostavki, da je razširjenost bolezni 0.016 odstotkov. v japonski populaciji. V analizo so bile vključene vse različice, ki so prestale postopek kontrole kakovosti po imputaciji celotnega genoma. Različice so bile razvrščene kot pogoste različice (MAF > 5 odstotkov) ali neobičajne različice (0,5 odstotka < maf="" #="" 5="" odstotkov),="" ko="" so="" med="" izračunom="" izdelovali="" matrice="" genetskega="" razmerja.="" podrobnosti="" so="" prikazane="" v="" dopolnilnih="">

PRILOGA

Raziskovalni konzorcij o genetiki otroških idiopatskih bolezniNefrotski sindromna Japonskem

Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Nakanishi, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Norio Kobayashi, Shoji Fujita, Kazushi Tsuruga, Naonori Kumagai, Hiroki Kudo, Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Shoichiro Kanda, Emi Sawanobori, Anna Kobayashi , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Miwa Goto, Masaki Shimizu, Kazuhide Ohta, Yohei Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yoshihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kazumoto Iijima, Kandai Nozu, Hiroshi Kaito, Shogo Minamikawa, Tomohiko Yamamura, China Nagano, Tomoko Hori- nouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yuya Hashimura, Shingo Ishimori, Naohiro Kamiyoshi, Takayuki Shibano, Yasuhiro Takeshima, Rika Fuji-maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Masayuki Ishihara, Shigeru Itoh, Takuma Iwaki, Maki Shi-mizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Tadashi Sato, Seiji Tanaka, Ayuko Zaitsu, Hitoshi Nakazato, Hiroši Tamura in Koiči Nakaniši

Korejski konzorcij dednih ledvičnih bolezni pri otrocih

Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gang Park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han in Eun Mi Yang

Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Genetika nefrotike

Študijska skupina za sindrom)

Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Nilka De Jesus Gonzalez, Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari in Sherif El Desk

NEHROVIR

Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Georges Deschênes, Claire Dossier, Ossam Elias , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelcwaijg, Stephanie Muller, Kacem Nacer, Sylvie Nathanson, Béatrice Pellegrino , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski in Férielle Zenkhri

RAZKRITJE

MGS je prejel honorarje za svetovanje od podjetja Maze Therapeutics. AS je prejel potovalno podporo Biofem Pharmaceuticals. GD je prejel honorar za svetovanje od Chiesi in Biocodex, honorar za predavanje od Alnhylama in potovalno podporo od Sanofija. MV je prejel honorar za svetovanje od Achillion Pharmaceuticals in Gentium-Jass, honorar za predavanje od Sanofija in donacijo od Alexion Pharmaceuticals. Kii je prejel honorar za svetovanje od Zenyaku Kogyo. Vsi drugi avtorji so izjavili, da nimajo konkurenčnih interesov.

ZAHVALA

Zahvaljujemo se vsem bolnikom, ki so sodelovali v tej študiji, in njihovim družinam ter gospe Yoshimi Nozu in gospe Ming Juan Ye za njihovo tehnično pomoč. Zahvaljujemo se Minoruju Nakamuri, Hitoshiju Okazakiju in Miki Matsuhashiju za njihovo podporo pri funkcionalnih študijah. Zahvaljujemo se dr. J. Ludovicu Croxfordu iz skupine Edanz Group (www.edanzediting.com/ac) za urejanje osnutka tega rokopisa.

Povzeti podatki o različicah odkritja GWAS so na voljo v podatkovni zbirki Japonskega nacionalnega centra za baze podatkov o bioznanstvenih podatkih (ID raziskave: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum0126- v2).

To delo je podprlo: Japonska agencija za medicinske raziskave in razvoj (AMED) pod številko donacije JP17km0405108h0005 za Kii, KIs, KN ​​in KT ter JP17km0405205h0002 in 18km0405205h0003 za KT in MN; in Japonsko društvo za promocijo znanosti (JSPS) v okviru pomoči za znanstvene raziskave, ki spodbuja skupne mednarodne raziskave (B) 18KK0244 za Kii, YH, TH, CN in KN. Del te študije sta financirala štipendija Evropskega raziskovalnega sveta ERC-2012-ADG_20120314 (pogodba o štipendiji 322947) in štipendija Agence Nationale pours la Recherche "Genetransnephrose" ANR-16-CE{{17} } za PR. RG podpirajo Nacionalni inštituti za zdravje/Nacionalni inštituti za sladkorno bolezen ter prebavne in ledvične bolezni (NIH/NIDDK) štipendije 5R01DK098135 in 5R01DK094987, nagrada dobrodelne fundacije Doris Duke za razvoj kliničnih znanstvenikov 2009033 in nagrada Duke Health Scholars. MGS je podprt s štipendijo Nacionalnega inštituta za zdravje (R01-DK108805). TheNefrotski sindromStudy Network Consortium (NEPTUNE; U54-DK-083912) je del Nacionalnega centra za napredne prevodne znanosti (NCATS). Mreža za klinične raziskave redkih bolezni (RDCRN) je bila podprta s sodelovanjem med Uradom za raziskave redkih bolezni (ORDR), NCATS in Nacionalnim inštitutom za diabetes, prebavne in ledvične bolezni. RDCRN je pobuda REDA NCATS. Dodatno financiranje in/ali programsko podporo za ta projekt so zagotovili Univerza v Michiganu, NephCure Kidney International in Halpin Foundation. Kohorta NEPHROVIR je bila podprta z 2 štipendijami Georgesa Deschênesa iz programa

Hospitalier de Recherche Clinique: dodeli PHRC 2007-AOM07018 in PHRC 2011-AOM11002. Mrežo NEPHROVIR usklajujejo pediatrična nefrološka enota bolnišnice Robert Debré, »Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien« in »Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France«. Marino Vivarelli je podprlo Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale).

DODATNO GRADIVO

Dodatna datoteka (PDF)

Dodatne opombe. Raziskovalni konzorcij o genetiki otroških idiopatskih bolezniNefrotski sindromna Japonskem, Korejski konzorcij za dedne ledvične bolezni pri otrocih, Konzorcij za pediatrično nefrologijo srednjega zahoda (GenetikaNefrotski sindromštudijska skupina) in NEPHROVIR.

Dodatne postopne pogojne analize v regiji HLA in fino preslikavo HLA.

Dopolnilne metode.

Tabela S1. Definicije NS.

Tabela S2. Klinične informacije o bolnikih v odkritju GWAS in mednarodni študiji replikacije.

Tabela S6. Pomembni nabori genov z vrednostmi P < 0.05="" po="" korekciji="" bonferroni="" v="" analizi="" nabora="" genov="" z="">

Tabela S9. Postopne pogojne analize v regiji HLA.

Tabela S10. Haplotipi HLA so pomembno povezani z japonskimi SSN iz otroštva v fazi odkritja z uporabo podatkov imputacije HLA. Tabela S11. Aleli HLA so pomembno povezani z japonskimi SSN iz otroštva v fazi odkritja z uporabo podatkov imputacije HLA. Tabela S16. Analiza povezave med haplotipi HLA-DRB1-DQB1 in SSN iz otroštva v fazi odkritja z uporabo imputiranih podatkov HLA. Tabela S19. Analiza povezav haplotipov HLA-ACB-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 s SSN-ji otroštva v fazi odkritja z uporabo imputiranih podatkov HLA.

Tabela S20. Homozigoti HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 in HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 ter heterozigoti HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 in HLA-DRB1 *13:02–DQB1*06:04 v fazi odkritja z imputacijo HLA.

Tabela S21. Ocena dednosti z uporabo avtosomnih variant v odkritem japonskem vzorčnem nizu.

Slika S1. Analiza glavnih komponent pri odkritju GWAS z uporabo vzorcev faze III HapMap kot reference (113 prebivalcev Utaha s predniki iz severne in zahodne Evrope [CEU], 113 Jorubov v Ibadanu [YRI], 84 Han Kitajcev v Pekingu [CHB] in {{ 4}} japonski v Tokiu [JPT]).

Slika S2. Moč odkritja GWAS.

Slika S3. Graf kvantil–kvantil (Q–Q) vrednosti P za SNP, izračunan z uporabo logistične regresije s prilagoditvijo za spol in PC1–4 (987 primerov s SSN iz otroštva in 3206 zdravih kontrol). Slika S4. Pogojna analiza v lokusu kandidata na 19. kromosomu.

Slika S5. Pogojna analiza v lokusu kandidata na kromosomu 9.

Slika S6. Pogojna analiza v lokusu kandidata na 18. kromosomu.

Slika S7. Lokacija in opomba 5 SNP-jev, izbranih za replikacijo v regiji NPHS1-KIRREL2 (A).

Slika S8. Manhattanski prikaz genskega testa MAGMA. Slika S9. Postopne pogojne analize v regiji HLA. Slika S10. Ocena dednosti na podlagi SNP v japonski populaciji.

Slika S11. Shematski diagram alel-specifičnega izražanja NPHS1. Tako tvegani kot netvegani vzorci kažejo enake skupne odčitke.

Dodatna datoteka (Excel)

Tabela S3. Različice z vrednostmi P < 1e–05="" v="" odkritju="" gwas.="" tabela="" s4.="" moč="" replikacijskih="" kohort="" za="" replikacijo="" kandidatnih="">

Tabela S5. Genomski pomembni geni, povezani z otroškimi SSN, v fazi odkritja MAGMA.

Tabela S7. Geni, vključeni v 4 pomembne nabore genov v analizi nabora genov, ki jo izvaja MAGMA.

Tabela S8. Različice z vrednostmi P < 0.05="" v="" kandidatni="" regiji="" na="" kromosomu="" 19="" (36,2–36,6="" mb)="" v="" bazi="" podatkov="" gtex="" in="" brskalniku="" nephqtl="">

Tabela S12. Analiza asociacije alelov HLA genov HLA razreda I s SSN iz otroštva v fazi odkritja z uporabo imputiranih podatkov HLA. Tabela S13. Analiza asociacije alelov HLA genov razreda II HLA s SSN iz otroštva v fazi odkritja z uporabo imputiranih podatkov HLA. Tabela S14. Analiza asociacije haplotipov HLA-AB s socialno varnostnimi številkami iz otroštva v fazi odkritja z uporabo imputiranih podatkov HLA. Tabela S15. Analiza povezave med haplotipi HLA-ACB in SSN iz otroštva v fazi odkritja z uporabo podatkov imputacije HLA. Tabela S17. Analiza povezanosti haplotipov HLA-DRB1-DQB1-DPB1 z otroškimi SSN v fazi odkritja z uporabo imputiranih podatkov HLA.

Tabela S18. Analiza povezav haplotipov HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 s SSN-ji otroštva v fazi odkritja z uporabo imputiranih podatkov HLA.

REFERENCE

1. Noone DG, Iijima K, Parekh R. Idiopatskinefrotski sindrompri otrocih. Lanceta. 2018; 39: 61–74.

2 Chanchlani R, Parekh RS. Etnične razlike v otroštvunefrotski sindromFrant Pedat.2016y:39.

3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et al. Visoka incidenca idiopatskega nefrotskega sindroma pri vzhodnoazijskih otrocih: državna raziskava na Japonskem (študija JP-SHINE). Clin Exp Nephral.2017;21651-657.

4 Bela RH. Družinanefrotski sindromEvropska raziskava LA. ClnNephral. 19731215-219.