Raziskave vrst Cistanche
Mar 22, 2022
Najibeh Ataeia,b, Gerald M. Schneeweissc,⁎, Miguel Angel Garcíad,e,1, Michael Kruger, Marcus Lehnerta, Jafar Valizadehf, Dietmar Quandta,⁎
a Nees Institute for Biodiversity of Plants, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Meckenheimer Allee 170, 53115 Bonn, Nemčija
b Generalni direktorat za kmetijski raziskovalni inštitut Afganistana (ARIA), Ministrstvo za kmetijstvo, namakanje in živinorejo, Badam Bagh, Kabul, Afganistan
c Oddelek za raziskave botanike in biotske raznovrstnosti, Univerza na Dunaju, Rennweg 14, A-1030 Dunaj, Avstrija
d Oddelek za biologijo, Univerza v Torontu v Mississaugi, 3359 Mississauga, Kanada
e Real Jardín Botánico, CSIC, Plaza de Murillo 2, 28014 Madrid, Španija f Oddelek za biologijo, Univerza v Sistanu in Balučistanu, Zahedan, Iran
Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791
Povzetek
Filogenetski odnosi in znotraj nefotosintetskih parazitskih linij so očitno slabo poznani, kar negativno vpliva na naše razumevanje parazitskih rastlin. To velja tudi zaCistanche(Orobanchaceae), rod starega sveta z okoli dva ducata vrst, katerih odnosi še niso bili obravnavani z uporabo molekularno filogenetskih pristopov. Tu sklepamo na filogenetska razmerja znotraj rodu, pri čemer uporabljamo taksonomsko in geografsko široko vzorčenje, ki zajema vse prej razločene infragenerične skupine in večino trenutno priznanih vrst. Kombinirano matriko treh plastidnih markerjev (trnL-trnF, vključno z intronom trnL in intergenskim presledkom (IGS), trnS-trnfM IGS in psbA-trnH IGS) in enega jedrnega markerja (ITS) smo analizirali z uporabo največje varčnosti, največje verjetnosti in Bayesovo sklepanje.Cistanchespada v štiri dobro podprte in geografsko ločene klade: vzhodnoazijski klad, severozahodnoafriški klad, jugozahodno azijski klad in široko razširjen klad. Od teh le vzhodnoazijski klad ustreza prej priznanemu taksonomskemu odseku, medtem ko drugi bodisi vsebujejo člane dveh ali treh odsekov (široko razširjeni klad oziroma jugozahodnoazijski klad) ali pa taksonomsko še niso bili priznani (severozahodnoafriški klad). . Medtem ko jugozahodnoazijski klad kaže močno filogenetsko strukturo med in delno znotraj vrst (vzhodnoazijski klad in severozahodni afriški klad sta monospecifična), je filogenetska ločljivost znotraj Široko razširjenega klada pogosto nizka in jo ovirajo neskladja med jedrskimi in plastidnimi markerji. Tako molekularni kot morfološki podatki kažejo, da je raznolikost vrst v Cistanche trenutno podcenjena.
Ključne besede:CistancheGostitelj, Orobanchaceae, parazit, filogenija, sistematika, taksonomija
Cistanche herba Extract Powder iz Chengdu Wecistanche
1. Uvod
Orobanchaceae so odličen modelni sistem za preučevanje evolucije parazitizma v rastlinah ter osnovnih fenotipskih in genetskih modifikacij (Westwood et al., 2010, Wickett et al., 2011). So tudi primer, kako so molekularni podatki uspešno izboljšali naše razumevanje filogenetskih odnosov. Na podlagi molekularnih študij se je družinski obseg precej spremenil in medgenerični odnosi so bili spremenjeni (Wolfe et al., 2005; Bennett in Mathews, 2006; Park et al., 2008; McNeal et al., 2013; Fu et al., 2017; Li et al., 2019). Najširšo in najobsežnejšo filogenetsko analizo Orobanchaceae doslej so opravili McNeal et al. (2013), ki je uporabil kombiniran nabor podatkov petih označevalcev (jedrni: ITS, PHYA, PHYB; plastidni: matK in rps2), ki obsegajo več kot 50 rodov družine. Kljub temu napredku številni rodovi niso bili vključeni v molekularne študije in ostajajo neuvrščeni (Schneeweiss, 2013). Poleg tega so filogenetski odnosi znotraj rodov, zlasti v taksonomsko težkih nefotosintetskih parazitskih skupinah, še vedno slabo raziskani.
Skupina, ki potrebuje temeljitejšo filogenetsko preiskavo, je rod nefotosintetskih koreninskih parazitovCistanche. Je potencialno koristen predmet za preučevanje evolucije velikih genomov (veliko večji kromosomi in temu primerno veliko večja velikost genoma kot pri tesno povezanih linijah: Schneeweiss et al., 2004b; Weiss-Schneeweiss et al., 2006; Wicke, 2013), reduktivnega razvoja plastidnih genomov (Li in sod., 2013; Wicke in sod., 2013, 2016; Liu in sod., 2020) ali raznolikosti vrst in biogeografije v sušnih regijah, vendar katero koli od teh raziskovalnih poti trenutno ovira slaba razumevanje odnosov med vrstami zaradi pomanjkanja temeljitih filogenetskih podatkov. Nekaj študij, ki vključujejo Cistanche, se osredotoča na razvoj plastidnega genoma (Li et al., 2013; Wicke et al., 2013, 2016) ali razmerja med vrstami, ki se uporabljajo v tradicionalni kitajski medicini (Tomari et al., 2002, 2003). ; Han et al., 2010; Sun et al., 2012; Zheng et al., 2014), in so taksonomsko zelo omejeni. Podobno filogenetske študije, usmerjene na družinsko raven ali osredotočene na sorodne rodove, kot je Orobanche, vključujejo le enega ali nekaj predstavnikovCistanche(Young et al., 1999; Schneeweiss et al., 2004a; Wolfe et al., 2005; Park et al., 2008; McNeal et al., 2013; Schneeweiss, 2013; Li et al., 2017, 2019). To kažejo njihovi rezultatiCistancheje tesno povezan z drugimi nefotosintetskimi parazitskimi rodovi, kot so Orobanche, Phelipanche, Conopholis ali Epifagus (klas III McNeal et al., 2013; klas Orobanche-Phelipanche Schneeweiss, 2013), vendar njegova natančna filogenetska umestitev ni bila raziskana. popolnoma poravnana (Schneeweiss, 2013).
Najnovejša monografija celotnega rodu je Beck-Mannagetta (1930). Glede na obliko čaše in število brakteol je ločil štiri razdelke: (i) C. sect.Cistanchelaz eno samo vrsto C. ridgewayana; (ii) C. sekt. Snov z eno samo vrstoCistancheSinensis; (iii) C. sekt. Heterocalyx, s tremi vrstami (C. fissa, C. ambigua in C. rosea); (iv) C. sekt.Cistanche(nomenklaturno nepravilno imenovana sekta. Eucistanche avtorja Becka Mannagetta, 1930) vsebuje preostalih 12 vrst. Kasnejše taksonomske obravnave, običajno v kontekstu nacionalnih flor, dodajo nekaj novih vrst in delno spremenijo obsege pogosto morfološko spremenljivih in s tem taksonomsko zapletenih vrst, ki jih je priznal že BeckMannagetta (1930), tako da je trenutno sprejetih okoli 26 vrst (Seznam rastlin, http://www.theplantlist.org, ocenjeno 6. decembra 2017). Rod je široko razširjen v sušnih regijah starega sveta od Makaronezijskih otokov in zahodne Afrike do srednje in vzhodne Azije, s središčem največje vrstne raznolikosti v jugozahodni Aziji in na Bližnjem vzhodu (Beck-Mannagetta, 1930). Tako kot za druge nefotosintetske rodove Orobanchaceae je za Cistanche značilna morfološka redukcija, zlasti vegetativnih znakov (Rodrigues in sod., 2011; Schneeweiss, 2013), tako da je večina diagnostičnih znakov iz socvetja in cvetov (oblika in indumentum cvetov). brakteje in brakteole, struktura in indumentum čašice, barva cveta, oblika in indumentum prašnika), od katerih so nekateri na herbarijskih primerkih slabo ohranjeni. Pomanjkanje celovite taksonomske obravnave, ki bi zajemala vse trenutno priznane vrste, slaba zastopanost v zbirkah, zlasti z manj raziskanih območij, in pomanjkanje taksonomsko uporabnih morfoloških znakov prispevajo k premalo poznani in nekonsolidirani taksonomijiCistanchevrste.
V tej študiji ugotavljamo filogenetske odnose znotrajCistanchekot osnova za filogenetsko napovedni taksonomski sistem. V ta namen zbiramo podatke o sekvencah iz hitro razvijajočih se in dobro uveljavljenih plastidnih markerjev ter jedrskih ITS sekvenc iz taksonomsko in geografsko obsežnega vzorčenja in analiziramo tiste z uporabo metod največje skromnosti, največje verjetnosti in Bayesovih metod. Natančneje, želimo (i) preizkusiti hipoteze o odnosih, ki jih implicira klasifikacija Beck-Mannagetta (1930), tj. ali njegovi odseki tvorijo monofiletske skupine, in (ii) preveriti, ali so morfološko in taksonomsko kompleksne vrste, kot sta C. phelypaea in C. tubulosa tvorijo naravne skupine.
2. Materiali in metode
2.1. Rastlinski material
Vključenih je bilo 189 vzorcev (na novo zbranih, herbarijskega materiala ali sekvenc iz GenBank), kar ustreza 17 predhodno identificiranimCistanchevrsta in sedem taksonov izven skupine (en pristop Conopholis Americana, Phelipanche cf. Iberica, dva pristopa Orobanche cernua, po eden O. anatolica, O. densiflora in O. Transcaucasia). VzorecCistancheusmerjen v široko geografsko pokritost za vsako vrsto v rodu. Identifikacija vrst je temeljila na taksonomiji, uporabljeni v monografskih obravnavah in florah (Beck Mannagetta, 1930; Zhang in Tzvelev, 1998), ki označuje morfološko odstopajoče tipe kot affinis vrste ("aff. ime vrste") ali, kjer opis novega predvidena je podvrsta (v pripravi je taksonomska obravnava celotnega rodu), kot "subsp. nov."; za vzorce iz GenBank, za katere nismo mogli preveriti herbarijskih vavčerjev, je bila ohranjena taksonomska oznaka, ki so jo uporabili prvotni avtorji. Taksoni izven skupine so bili izbrani v skladu z našim trenutnim znanjem o odnosih znotraj Orobanchaceae (Schneeweiss et al., 2004a; McNeal et al., 2013; Schneeweiss, 2013). Podatki o lokaciji in kuponih, vključno s pristopnimi številkami GenBank, so podani v dodatni tabeli S1.
2.2. Izolacija in sekvenciranje DNK
Ekstrakcija genomske DNA iz na novo zbranega s silikagelom posušenega tkiva venca je sledila protokolu CTAB (Doyle in Doyle, 1987). Večino herbarijskega materiala smo izolirali z uporabo DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Hilden, Nemčija) ali NucleoSpin Plant II (Macherey-Nagel, Düren, Nemčija). Približno 50 mg posušenega materiala smo homogenizirali z uporabo mešalnega mlina (Retsch MM200, Haan, Nemčija) pri 30 Hz 3 minute, čemur je sledila inkubacija v 700 ul pufru za ekstrakcijo vsaj eno uro pri 65 stopinjah. Nato so uporabili protokol CTAB ali protokole, ki so jih zagotovili proizvajalci kompletov.
Genomska DNK je bila shranjena pri -80 stopinjah in razredčitve so bile uporabljene za poznejše pomnoževanje. Trije plastidni označevalci (trnL-F, vključno z intronom trnL in intergenskim presledkom (IGS), trnS-FM IGS in psbA-trnH IGS), ki se nahajajo v velikem območju z eno kopijo (LSC) plastidnega genoma, in jedrski notranji prepisani distančniki (ITS1 in ITS2 plus vmesni gen 5.8S rDNA) so bili izbrani za filogenetske sklepe. Večkrat se je pokazalo, da so plastidni markerji zelo primerni za filogenetske študije na ravni vrste (Borsch in Quandt, 2009). Poleg tega je bil psbA-trnH že uporabljen za črtno kodiranje DNK v kitajščiniCistanchetaksonov (Han in sod., 2010; Sun in sod., 2012; Zheng in sod., 2014). Jedrska regija ITS je bila izbrana kot tehnično zlahka sprejemljiv jedrski marker, ki je bil kljub številnim potencialnim težavam (Álvarez in Wendel, 2003) uspešno uporabljen v številnih filogenetskih študijah s poudarkom na odnosih med vrstami (Baldwin et al., 1995; Álvarez in Wendel). , 2003; Bailey et al., 2003), vključno z Orobanche in sorodnimi rodovi (npr. Schneeweiss et al., 2004a; McNeal et al., 2013). Poleg tega je bil ITS2 uporabljen tudi za črtno kodiranje DNKCistanche(Han et al., 2010; Sun et al., 2012; Zheng et al., 2014; Wang et al., 2018). Območje trnL-F je bilo pomnoženo z uporabo primerjev C in F (Taberlet et al. 1991). V nekaterih primerih, na primer pri starem in domnevno razgrajenem materialu, je bila regija pomnožena v dveh ločenih fragmentih, tj. z uporabo para primerjev C in D (Taberlet et al., 1991) in para primerjev trnL460F (Worberg et al., 2007) in F (Taberlet et al., 1991) oz. TrnS-trnfM IGS je bil pomnožen z uporabo trnS(UAG)-pF1 (5'- ACTATACCGGTTTTCAAGGCCG-3') in trnfM(CAU)-pR1 (5'-TAG AGC AGTTTGGTAGCTCGCA-3'; S. Wicke , Münster, osebno sporočilo), psbAtrnH IGS z uporabo primerjev Kress et al. (2005). Profil PCR za plastidne markerje je vključeval začetni korak denaturacije 5 minut pri 94 stopinjah, ki mu je sledilo 30 ciklov z 1 minuto pri 94 stopinjah, 1 minuto pri 55 stopinjah, 90 s pri 72 stopinjah in končni korak raztezanja 7 min pri 72 stopinjah. Območje ITS je bilo pomnoženo z uporabo primerjev ITS4 in ITS5 (White et al., 1990) s profilom pomnoževanja 5 minut pri 94 stopinjah, čemur je sledilo 40 ciklov z 1 minuto pri 94 stopinjah, 1 minuta pri 48 stopinjah s časovno prirastek plus 4 s na cikel, 45 s pri 68 stopinjah in končni korak podaljšanja 7 minut pri 68 stopinjah. Neuspešne PCR so ponovili z uporabo notranjih primerjev 5.8S106-R (5′- AGGCGCA ACTTGCGTTCAAA -3′) in 5.8S32-F (5′-GCATCGATGAAGAACGT AGC-3′; D. l. Nickrent, Univerza Južnega Illinoisa, ZDA, osebno sporočilo) v kombinaciji z ustreznimi zunanjimi primerji ITS5 in ITS4. Reakcije PCR so bile izvedene v volumnu 25 ul in so vključevale 1,5 UGoTaq Flexi DNA polimerazo (Promega, Madison, ZDA), 0–0,2 M betain monohidrata, 0,4 µM vsakega prednjega in povratnega primerja, 0,15 mM dNTP (Carl Roth, Karlsruhe, Nemčija), 1 mM MgCl2 v pufru 1xGoTaq Flexi, 1 ul genomske DNA neznane koncentracije in voda. Za nekaj močno razgrajenega herbarijskega materiala smo uporabili Ready-To-Go PCRBeads (Amersham-Pharmacia Biotech, Amersham, Združeno kraljestvo) po navodilih proizvajalca. Kot se običajno zahteva za izolate DNK herbarijskega materiala, so bili dodani dodatki PCR, kot je 1 ul PVP-40(10–40 odstotkov) in/ali 5 ul raztopine za izboljšanje P (5×; PeqLab, Erlangen, Nemčija). reakcije na račun vode. Produkte pomnoževanja smo očistili z gelom na 1-odstotnem agaroznem gelu z uporabo kompleta za čiščenje PeqLab PCR (Peqlab) ali kompleta za hitro čiščenje PCR (Qiagen). Za ugnezdene produkte ITS-PCR < 300="" bp="" (pomnoževanje="" iz="" herbarijskega="" materiala,="" ki="" je="" pogosto="" kontaminiran="" z="" glivami),="" smo="" izbrali="" višjo="" koncentracijo="" gela="" (1,4="" odstotka)="" in="" daljši="" čas="" delovanja.="" očiščene="" produkte="" pcr="" je="" sekvenciral="" macrogen="" (seul,="" koreja)="" s="" primerji="" za="" pomnoževanje="" in="" zgoraj="" omenjenimi="" dodatnimi="" notranjimi="" primerji,="" kjer="" je="" bilo="">
cistanche wirkung
2.3. Poravnava sekvenc, indel kodiranje in filogenetske analize
Zaporedja DNK so bila sestavljena in poravnana z uporabo PhyDE 0.97 (Müller et al., 2006). Po Olssonu et al. (2009) so bile regije negotove homologije (mutacijske žarišča) označene v PhyDE in odstranjene iz analiz. Inverzije so bile položajno izolirane v poravnavi in vključene kot povratni komplement, kot je bilo predlagano prej (Quandt et al., 2003; Borsch in Quandt; 2009). Indeli so bili kodirani z uporabo preprostega indel kodiranja (SIC; Simmons in Ochoterena, 2000), kot je implementirano v SeqState 1.25 (Müller, 2005), in dodani kot dodatna podatkovna particija. V vseh podatkovnih matrikah so bile vrzeli v zaporedju obravnavane kot manjkajoči podatki, poravnani položaji pa so bili obravnavani kot enako uteženi.
Analize so bile izvedene na treh nizih podatkov o zaporedju, ki ustrezajo povezanim plastidnim markerjem, ITS, in kombiniranim podatkom (kombinirani plastidni in jedrski markerji), vsak z ali brez indelov, kar je povzročilo skupno šest analiziranih nizov podatkov. Pred kombiniranimi analizami so bili nabori podatkov posameznega markerja pregledani glede neskladnosti med markerji z ločeno analizo vsakega posameznega lokusa v MrBayesu z uporabo privzetih nastavitev (podatki niso prikazani). Analize maksimalne varčnosti (MP) verižne nukleotidne matrike z in brez priložene indel matrike so bile izvedene v PAUP* 4.0b10 (Swofford, 1999) z uporabo parsimony ratchet (Nixon, 1999) prek ukaznih datotek, ustvarjenih avtor PRAP2 (Müller, 2004). Uporabljene so bile naslednje nastavitve zaskoka: 200 ponovitev s 25 odstotki položajev, naključno ponderiranih (teža=2) v vsaki ponovitvi in 10 naključnih ciklov dodajanja. Analiza največje verjetnosti (ML) verižne matrike nukleotidov
s priloženo matriko indel in brez nje, so bili izvedeni z uporabo RAxML 8 (Stamatakis, 2014) z uporabo modela GTRCAT. Za analizo MP in ML je bila podpora ocenjena z zagonom (Felsenstein, 1985) z uporabo 10 000 ponovitev. Bayesovi sklepi (BI), izvedeni na vseh šestih nizih podatkov (enojni in povezani označevalci, s kodiranimi indeli in brez njih), so bili izvedeni z MrBayes 3.2.2 (Huelsenbeck in Ronquist, 2001; Ronquist in Huelsenbeck, 2003) z uporabo GTR plus Γ plus Modeliram za nukleotidno particijo (dva nepovezana modela v primeru kombiniranega niza podatkov) in model restrikcijskega mesta (F81-like; Felsenstein, 1981) za indel particijo s privzetimi predhodnimi vrednostmi. Vzporedno je potekalo šest zagonov s po 10 milijoni generacij in štirimi verigami (ena hladna in tri ogrevane verige s privzetim ogrevanjem), vzorčenje vsake 1000. generacije. Prvih 25 odstotkov je bilo zavrženih kot izgorelost, kar je bilo precej potem, ko so verige dosegle stacionarnost, kot je opredeljeno v Tracer v.1.7.1 (Rambaut et al., 2018). Drevesa so bila urejena z uporabo TreeGraph2 (Stöver in Müller, 2010).
3. Rezultati
Značilnosti celotnega nabora podatkov, kjer ni bil odstranjen noben položaj, in nabora podatkov, kjer so bile vroče točke (za podrobnosti o teh glejte dodatno tabelo S2) odstranjene (ponovitve mononukleotidov) ali obrnjene (inverzije, povezane z lasnico), so podane v tabeli 1. Večina indelov v naboru podatkov je bila ponovitev sosednjih fragmentov (tj. enostavnih ponovitev zaporedja [SSR]), dolgih od 2 do 20 nukleotidov (podatki niso prikazani). Poleg tega so v distančniku psbA-trnH opazili delecijo 1148 bp v poravnanem matriksu pri C. aff. fissa 2, kar ustreza zmanjšanju dolžine zaporedja na 20 odstotkov povprečne dolžine.
Opazili nismo nobenih pomembnih neskladij med filogenetskimi odnosi, izpeljanimi iz posameznih plastidnih markerjev (podatki niso prikazani), ampak med povezanimi plastidnimi markerji in jedrskim markerjem (dodatne slike S1–S2). Te so bile večinoma najdene v klasu, vključno s C. phelypaea inCistanchetubulosa (tj. Široko razširjen klad: glej naslednji odstavek), za katerega je bila značilna splošna plitva stopnja divergence (glej filogram na sliki 1). Med drevesi, izpeljanimi iz naborov podatkov z indeli kodiranja ali brez njih, ni bilo bistvenih odstopanj; vendar je uporaba informacij indel povečala celotno topološko ločljivost, medtem ko je bil njen vpliv na podporne vrednosti dvoumen (slika 1, dodatne slike S1–S3).
Filogenetska drevesa, dobljena iz ML in BI na podlagi kombiniranih plastidnih in jedrnih markerjev, oba z indeli (logaritmična verjetnost ML –21272,719; harmonično povprečje rezultatov logaritma verjetnosti iz BI –21432,751) in brez indelov (log verjetnosti ML rezultat –17135,239; harmonično povprečje rezultatov logaritemske verjetnosti iz BI –17654,075), so bili močno skladni in so dali dobro ločeno drevo (slika 1). V nadaljevanju se bomo osredotočili na rezultate kombiniranih analiz, pri čemer se bomo sklicevali na analize z enim markerjem (združeni plastid proti jedru) samo v primeru pomembnih odstopanj. Ugotovljene kombinirane analizeCistanchekot monofiletska skupina, čeprav le šibko podprta (ML 61/ < 50;="" bi="" 0.77/0.91;="" podporne="" vrednosti="" iz="" analiz="" s="" kodiranimi="" indeli/brez="" kodiranih="" indelov).="" v="" mp="" analizi="" položaj="" c.="" sinensis="" glede="" na="">Cistanchevrsta in taksoni izven skupine niso bili razrešeni (dopolnilna slika S3).Cistancherazdelil v štiri glavne dobro podprte klade (slika 1, dopolnilna slika S3), odslej imenovane vzhodnoazijska klada, jugozahodna azijska klada, severozahodna afriška klada oziroma široko razširjena klada. Vzhodnoazijski klad, ki vsebuje samo C. Sinensis (MP 100/100; ML 100/100; BI1.00/1.00) iz Kitajske in Mongolije, je bil ugotovljen kot sestrski za preostanek odCistanche(MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00). Jugozahodnoazijski klad (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00), ki obsega več vrst od jugozahodne do osrednje Azije, je bil sestra klasu (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00), vključno s severozahodno afriškim kladom in široko razširjenim kladom. Medtem ko je severozahodni afriški klad (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00) vseboval le eno vrsto, omejeno na severozahodno Afriko, je razširjeni klad (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00) vključeval približno deset vrst, ki so skupaj široko razširjene od atlantskih obal Evrope in Afrike do srednje Azije.
V jugozahodnem azijskem kladu je bila filogenetska struktura izrazita (slika 1, dopolnilna slika S3). Clade A (MP 98/100; ML 100/ 100; BI 1.00/1.00) je vključeval le C. ambigua, ki je spadal v dva geografsko ločena podklada, enega (MP 79/1{{30}}; ML 75/ < 50;="" bi="" 1.00="">< 50),="" ki="" vsebuje="" izključno="" pristope="" iz="" severovzhodnega="" irana,="" drugi="" (mp="" 75/51;="" ml="" 82/="">< 50;="" bi="" 1.00/0).="" 51)="" z="" nekaterimi="" pristopi="" iz="" severnega="" irana="" in="" dvema="" pristopoma="" iz="" jugozahodnega="" afganistana.="" clade="" a="" je="" bila="" sestra="" (mp="" 70/52;="" ml="" 69/="">< 50;="" bi="" 1.00/0,93)="" c.="" ridgewayana="" iz="" afganistana.="" naslednja="" sestrska="" skupina="" (mp="" 98/99;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/1.00)="" je="" bila="" klada="" b="" (mp="" 62/68="" ;="" ml="" 75/79;="" bi="" 0,97/1.00),="" ki="" obsega="" pristope="" c.="" aff.="" ridgewayana.="" znotraj="" klade="" b="" je="" filogenetska="" struktura="" ustrezala="" geografiji,="" ker="" so="" aknesije="" iz="" severozahodnega="" in="" osrednjega="" irana="" (aff.="" ridgewayana="" 2)="" tvorile="" podklado,="" ugnezdeno="" znotraj="" stopnje="" akcesionatov="" iz="" predvsem="" osrednjega="" in="" južnega="" irana="" (aff.="" ridgewayana="" 1).="" razmerja="" med="" primerki="" c.="" ridgewayana="" sl="" (c.="" ridgewayana="" in="" c.="" aff.="" ridgewayana)="" pa="" so="" se="" razlikovala="" med="" označevalci:="" medtem="" ko="" je="" bil="" c.="" ridgewayana="" sl="" na="" podlagi="" podatkov="" its="" (dodatna="" slika="" s2)="" ugotovljen="" kot="" monofiletski="" brez="" podprte="" notranje="" strukture="" ,="" je="" bilo="" ugotovljeno,="" da="" je="" parafiletično="" na="" podlagi="" plastidnih="" podatkov="" z,="" v="" primerjavi="" s="" kombinirano="" analizo,="" spremenjenih="" položajev="" c.="" aff.="" ridgewayana="" 1="" in="" c.="" aff.="" ridgewayana="" 2.="" sestrska="" skupina,="" ki="" je="" sledila="" klasu,="" vključuje="" c.="" ambigua="" in="" c.="" ridgewayana="" sl="" (mp="" 74/60;="" ml="" 96/93;="" bi="" 1.00/1.00)="" je="" bil="" klad="" c="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1,00/1,00),="" ki="" vsebuje="" c.="" aff.="" fissa="" 1="" iz="" afganistana.="" naslednje="" sestrske="" skupine="" so="" bile="" (i)="" en="" sam="" pristop="" c.="" aff.="" fissa="" 2="" iz="" azerbajdžana="" (mp="" 57/100;="" ml="" 84/85;="" bi="" 0,88/0,57),="" (ii)="" klad="" d="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1,00/1,00),="" ki="" obsega="" c.="" salsa="" iz="" jugozahodne="" azije="" in="" iz="" kitajske="" (mp="" 100/100;="" ml="" 80/90;="" bi="" 0,99/0,99)="" in="" (iii)="" klada="" e="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1,00/1,00),="" ki="">Cistanchedeserticola iz Kitajske in Mongolije (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00).
Slika 2. Značilne oblike cvetov in čaš za izbrane člane vzhodnoazijskega klada (J), jugozahodnoazijskega klada (F–I), severozahodnoafriškega klada (K) in široko razširjenega klada (A–E, L– M) iz Cistancheja. (A) C. senegalensis, (B) C. flava, (C) C. tubulosa subsp. tubulosa, (D) C. violacea, (E) C. phelypaea subsp. nov., (F) C. fissa, (G) C. salsa, (H) C. ridgewayana, (I) C. ambigua, (J) C. Sinensis, (K) C. spec. nov., (L) C. rosea, (M) C. laxiflora.
V Widespread Clade so bila razmerja občasno dvoumna zaradi nizke ločljivosti jedrskih podatkov kot tudi neskladij med plastidnimi in jedrskimi markerji (dopolnilne slike S1–S2). Ti niso zadevali le položaja posameznih pristopov (npr. C. Senegalese ED1096,Cistanchetubulosa subsp. tubulosa ED891), temveč tudi obrobje večjih podkladov. Na primer, medtem ko podatki o plastidih sklepajo, da je C. Rosea dobro podprta sestra preostalih vrst (BI 1.00; dopolnilna slika S1), jedrski podatki kažejo, da je član klade (BI 1. 00), vključno z vsemi vrstami razen C. phelypaea, C. violacea in večino primerkov C. lutea (dodatna slika S2). Posledično so bili odnosi med glavnimi kladi (kladi F–J), izpeljani iz kombiniranih analiz, pogosto slabo razrešeni in slabo podprti (slika 1). Edina izjema je bil klad F (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00), ki vsebuje C. rosea iz Arabski polotok (v analizi ITS je ustrezen in le šibko podprt klas dodatno vključeval pristop ED1096 C. senegalensis: dopolnilna slika S2), katerega sestrska skupina je povezana s klasom (MP 99/94; ML 98/99; PP 1,00/ 0,99), ki obsega preostale vrste (kladi G–J; slika 1), je bil dobro podprt.
herba cistanches
Clade G (MP 63/99; ML 84/54; BI 1.00/ < 50)="" je="" vseboval="" c.="" laxiflora="" iz="" irana="" in="" afganistana="" skupaj="" z="" dvema="" primerkoma="" c.="" tubulov="" iz="" kitajske="" (gb1="" in="" gb2).="" znotraj="" klada="" g="" je="" bila="" c.="" laxiflora="" parafiletična,="" ker="" je="" bila="" podklada="" dveh="" dodatkov="" c.="" tubulosa="" (mp="" 98/65;="" ml="" 99/73;="" bi="" 1.00/0.77)="" združena="" v="" klada="" (mp="" 54/="">< 50;="" ml="" 60/91;="" bi="" 1.00/1.00)="" s="" pristopi="" c.="" laxiflora="" iz="" severnega="" in="" južnega="" irana="" ter="" afganistan="" (mp="" 85/="">< 50;="" ml="">< 50/50;="" bi="">< 0,50/0,74)="" z="" izključitvijo="" primerkov="" c.="" laxiflora="" iz="" osrednjega="" irana,="" ki="" tvorijo="" ločen="" klas="" (mp="" 99/95;="" ml="" 99/95;="" bi="" 1.="">
Clade H (MP nepodprt; ML 97/50; PP 1.00/ < 50)="" je="" vseboval="" c.="" senegalensis="" (vzhodna="" afrika)="" in="" tam="" ugnezdeno="" monofiletsko,="" vendar="" brez="" podpore,="" c.="" flava="" (jugozahodna="" azija)="" in="" podklad="" (mp="" 90/73;="" ml="" 86/69;="" bi="" 0,79/0.86),="" ki="" obsega="" pristope="" c.="" aff.="" tubulosa="" z="" južnega="" arabskega="" polotoka="" (oman,="" jemen).="" dokazi="" za="" klado="" h="" so="" v="" bistvu="" izhajali="" samo="" iz="" podatkov="" o="" plastidih,="" ker="" je="" bil="" v="" its="" c.="" flava="" sklepan="" kot="" tesno="" povezan="" s="" c.="" laxiflora,="" razmerja="" med="" c.="" senegalensis="" in="" c.="" tubulosa="" pa="" so="" ostala="" nerešena="" (dopolnilna="" slika="" s2).="" v="" kladu="" h="" niso="" bila="" le="" razmerja="" c.="" tubulosa="" in="" c.="" flava="" s="" c.="" senegalensis="" slabo="" razrešena="" in="" slabo="" podprta,="" ampak="" tudi="" razmerja="" med="" linijami="" znotraj="" c.="" senegalensis="" in="" znotraj="" c.="" flava,="" edina="" izjema="" je="" bila="" podklada="" štirih="" c.="" pristopki="" flava="" (flava="" subsp.="" nov.)="" iz="" severnega="" irana="" (mp="" 100/97;="" ml="" 100/99;="" bi="">
Clade I (MP ni podprt; ML 62/54; PP 1.00/ < 0.50)="" je="" vseboval="" izključno="" dodatke="" c.="" tubulosa,="" ki="" so="" pokrivali="" široko="" geografsko="" območje="" od="" zelenortskih="" otokov="" in="" malija="" preko="" arabskega="" polotoka="" in="" irana="" do="" pakistana="" in="" indije.="" dokazi="" za="" klas="" h="" so="" v="" bistvu="" izhajali="" tudi="" samo="" iz="" podatkov="" o="" plastidih,="" ker="" je="" bila="" v="" its="" ta="" skupina="" ugotovljena="" kot="" parafiletična="" in="" pogosto="" nerešena="" glede="" na="" c.="" rosea="" (klas="" f),="" c.laxiflora="" (klas="" g),="" kot="" tudi="" c.="" senegalensis="" in="" c="" flava="" (klada="" h).="" filogenetska="" struktura="" v="" kladu="" i="" je="" bila="" na="" splošno="" šibka="" in="" ni="" kazala="" jasnega="" geografskega="">
Clade J (MP 92/53; ML 97/87; PP 1.00/0.99) je vseboval C. lutea sl (tj. vključno s C. lutea, C. aff. lutea 1 in C. aff. lutea 2; Makaronezijski otoki in Sredozemlje) in tam gnezdene C. Brunner (zahodna Afrika), C. phelypaea (Makaronezijski otoki, atlantske in sredozemske obalne regije Afrike in jugozahodne Evrope) in C. violacea ( severna Afrika).Cistanchephelypaea (MP 100/98; ML 100/ 100; BI 1.00/1.{{ 31}}0) skupaj z razredom C. lutea sl (pristopki iz celotnega območja razširjenosti te vrste) in dvema pristopoma C. violaceus (ED807 in ED1{{ 41}}12 iz Savdske Arabije oziroma Jordanije) in hibrid C. aff. lutea 1 in C. violacea, šibko podprta klada (MP 55/-; ML 76/67; BI 0.64/ < 0.50),="" ki="" je="" bila="" sestrska="" (mp="" 90/53;="" ml="" 97/92;="" bi="" 0,96/0,89)="" v="" klas="" (mp="" 68/58;="" ml="" 93/82;="" bi="" 0,90/0,63),="" vključno="" z="" vsemi="" razen="" dveh="" prej="" omenjenih="" pristopov="" c.="" violacea.="" v="" nasprotju="" s="" c.="" violacea,="" kjer="" je="" geografska="" ločitev="" na="" široko="" razširjen="" klas="" (mp="" 53/70;="" ml="" 84/85;="" bi="" 0,92/0,59)="" in="" izključno="" maroški="" klas="" (mp="" 92/93;="" ml="" 99/99;="" bi="" 1)="" .00/0,95),="" sta="" bili="" filogenetska="" in="" geografska="" struktura="" pri="" c.="" lutea="" sl="" in="" c.="" phelypaea="" omejeni.="" preostali="" pristopi="" c.="" lutea="" (vsi="" iz="" zahodne="" afrike)="" in="" c.="" brunneri="" (vključen="" je="" le="" en="" pristop)="" so="" tvorili="" stopnjo="" na="" dnu="" klade="" j="" zaradi="" položaja="" pristopa="" c.="" lutea="" iz="" nigra="" (ed726)="" zunaj="" klade="" (mp="" 94/60,="" ml="" 95/69;="" bi="" 1.00/0,99),="" ki="" jo="" tvorijo="" drugi="" pristopi.="" sklep="" o="" tej="" stopnji="" c.="" lutea="" je="" bil="" verjetno="" posledica="" odstopanj="" med="" podatki="" plastida="" in="" its.="" natančneje,="" iz="" plastidnih="" podatkov="" so="" bili="" sklepani,="" da="" so="" ti="" dodatki="" c.="" lutea="" in="" c.="" brunneri="" tesno="" povezani="" s="" c.="" violacea="" in="" drugimi="" dodatki="" c.="" lutea="" (dodatna="" slika="" s1),="" tj.="" kot="" v="" združenih="" podatkih,="" medtem="" ko="" so="" podatki="" its="" uvrstili="" tiste="" ,="" v="" nerazrešenem="" položaju,="" v="" kladu="" s="" c.="" senegalensis="" in="" c.="" tubulosa="" z="" izključitvijo="" drugih="" članov="" klada="" j="" (dodatna="" slika="">
4. Razprava
V najnovejši monografiji rodCistanche, Beck-Mannagetta (1930) je ločil štiri skupine (kot taksonomske sekcije), ki se razlikujejo po značilnostih čaše in številu brakteol. Z izjemo monospecifične C. sect. Snov (vzhodnoazijski klad), nobeden od odsekov Becka Mannagette ni podprt kot monofiletni. Namesto tega vrste C. sect.Cistanchein C. sekta. Heterocalyx je pomešan (v jugozahodnem azijskem kladu in široko razširjenem kladu) in ena vrsta C. sect. Cistanchella je parafilet in gnezdi v jugozahodnoazijskem kladu. Četrta glavna linija (severozahodnoafriški klad), ki jo tukaj predstavlja vrsta, ki jo je treba še opisati in je morfološko blizu C. mauritanica, tradicionalno umeščena v sekto C.Cistancheni bilo identificirano v nobeni od prejšnjih klasifikacij
Štiri glavne linije, identificirane tukaj, je mogoče označiti tudi morfološko. Natančneje, edina vrsta vzhodnoazijskega klada, C. Sinensis, je edinaCistanchevrste z globoko vrezano štiridelno čašo, vse druge pa imajo (vsaj) pet večinoma sorodnih čašnih režnjev (sl. 2). Vrste široko razširjenega klada imajo gola stebla, ovršne liste in čaše, medtem ko so tiste iz jugozahodnoazijskega in severozahodnoafriškega klada vsaj delno dlakave (volnate ali lanuginozne v primerjavi s arahnoidno-lanuginoznimi) (slika 2). Nazadnje, pripadniki severozahodnoafriškega klada imajo gosto arahnoidno-lanuginozno indumentum in široko romboidne ovršne lističe, ki jih v jugozahodnoazijskem kladu ne najdemo (slika 2). Prej poudarjeni znaki, tj. število brakteol (ena ali nobena v C. sect.Cistanchelav primerjavi z dvema v vseh drugih predelih) in obliko čašnih rež (bolj ali manj globoko ločeni in neenaki režnji pri C. sect. Heterocalyx v primerjavi s plitvo ločenimi in enakimi režnji pri C. sect.Cistanche), ne odražajo globljih razcepov in se vsaj v primeru oblike čašnih režnjev zdi, da so se razvili vsaj dvakrat neodvisno.
Več trenutno priznanih vrst ni podprtih kot monofiletskih (slika 1), kar pa ni omejeno na taksonome, za katere je znano, da so taksonomsko težavni, kot sta C. lutea ali C. tubulosa, temveč tudi na taksone, za katere velja, da taksonomsko niso problematični, kot je C. ridgewayana sl ozCistanchefissa sl (tukaj zastopana s C. aff. fissa 1 in 2). Neskladje med taksonomskimi in filogenetskimi enotami je lahko posledica več dejavnikov, ki se medsebojno ne izključujejo, vključno z napačno identifikacijo vrst, pomanjkanjem taksonomskega prepoznavanja morfološko in/ali geografsko diferenciranih entitet, hibridizacijo in plitko divergenco (hitro sevanje). Napačna identifikacija vrste je verjetno vzrok za položaj dveh dodatkov C. tubulosa (GB1 in GB2), ugnezdenih v C. laxiflora (slika 1). Vavčerji teh pristopov nam niso bili na voljo za revizijo, vendar, kot sodimo iz spletnih slik, se rastline iz sosednjih območij v osrednjih puščavah Kitajske morfološko ujemajo s C. laxiflora subsp. laxiflora (bele venčne cevi s svetlo vijoličastimi režnji namesto bledo do temno rumene pri C. tubulosa). O tej vrsti ne poročajo s Kitajske, kjer so rastline, ki se nanašajo na ta takson, navedene pod C. tubulosa (Zhang, 1990) ali v zadnjem času pod C. mongolica (Zhang in Tzvelev, 1998). Zdi se, da pomanjkanje taksonomskega prepoznavanja morfološko in/ali geografsko diferenciranih linij velja za parafiletne vrste, kot sta C. ridgewayana sl in C. aff. fissa, pa tudi monofiletskim vrstam z močno filogenetsko strukturo, kot je C. Flava. V vsakem od teh primerov se filogenetsko omejene skupine morfološko in geografsko razlikujejo in si zato zaslužijo taksonomsko priznanje (podrobnejša taksonomska obravnava bo podana v naslednji objavi). Tako napačna identifikacija vrst kot nezadostna taksonomska ločljivost sta pogosti težavi pri holoparazitskih Orobanchaceae, zlasti pri Orobanche in sorodnih rodovih (Manen et al., 2004; Schneeweiss et al., 2004a; Schneeweiss et al., 2009; Schneeweiss, 2013).
Hibridizacija je pogost pojav pri cvetočih rastlinah (Rieseberg in Carney, 1998; Payseur in Rieseberg, 2016) in o njej so poročali tudi zaCistanche. Natančneje, Beck-Mannagetta (1930) je hibride med C. lutea (kot C. tinctoria f. lutea) in C. violacea opisal kot nothospecies, C. hybrid. Ti hibridi so lahko morfološko vmesni, kot je primer za pristop ED686, ali pa so lahko podobni enemu od staršev, kot je primer za pristop ED1012; ta zadnji pristop je bil prvotno opredeljen kot C. violacea, vendar se je ob ponovnem pregledu, ki ga je izzvala njegova filogenetska lega znotraj C. lutea sl, izkazalo, da je prav tako hibrid. Ob predpostavki materinskega dedovanja plastidnega genoma (kot je prikazano za Orobanchaceae Rhinanthus angustifolius: Vrancken in Wesselingh, 2010) vCistanche, bi bila prisotnost materinskega ribotipa ITS v hibridnem pristopu ED686 (ni na voljo za pristop ED1012) skladna s tvorbo kasnejših generacij hibridov in/ali povratnih križanj, kar ima za posledico zajetje plastida. Zajetje plastid bi lahko pojasnilo tudi neskladja med jedrskimi in plastidnimi markerji. Na primer, C. aff. tubulosa z Arabskega polotoka, ki se morfološko razlikuje po več značilnostih od razširjene C. tubulosa, je v podatkovnem nizu ITS tvoril klas blizu C. senegalensis, vendar je bil v plastidu ločen na dva različna klada in združeni podatkovni niz je bil združen s C. senegalensis (klad H) ali akcesiji C. tubulosa subsp. tubulosa (klad I; tako C. senegalensis kot C. tubulosa subsp. tubulosa se pojavljata tudi na Arabskem polotoku).
Alternativa introgresiji za razlago neskladij med filogenetskimi položaji, sklepanimi na podlagi jedrnih in plastidnih podatkov, je nepopolno sortiranje rodov, ki bo različno vplivalo na jedrske in plastidne genome zaradi razlik v njuni dejanski velikosti populacije (v plastidnih genomih je le polovica večja kot v jedrnih genomih v enodomna skupina, kot je nprCistanche). Pričakuje se, da bo nepopolno razvrščanje linij še posebej pomembno v primeru plitke divergence in hitrega sevanja (Maddison in Knowles, 2006), kar očitno velja za široko razširjeni klad, kjer so za klas, ki obsega klade G do J, značilne kratke dolžine vej (Slika 1). Nepopolno razvrščanje linij je lahko odgovorno za pomanjkanje molekularne diferenciacije in/ali koherence morfološko diferenciranih linij znotraj C. lutea sl (tj. C. aff. lutea 1 in C. aff. lutea 2). Ločevanje nepopolnega razvrščanja rodov od introgresije bo zahtevalo metode, ki temeljijo na koalescentu (Blanco-Pastor et al., 2012), ki idealno vključujejo jedrske filogenomske podatke (Bravo et al., 2019), ki v odsotnosti trdnega taksonomskega okvira in dovolj obsežnih podatkov niso še možno.
Specializacija gostitelja je pomembna evolucijska sila pri holoparazitskih Orobanchaceae (Schneider et al., 2016).Cistanche, vendar se zdi izjema, saj je bilo veliko vrst najdenih v članih več družin rastlin, najpogosteje Amaranthaceae (vključno s Chenopodiaceae) in Polygonaceae, pa tudi Fabaceae, Zygophyllaceae, Tamaricaceae, Rosaceae, Nitrariaceae in Salvadoraceae. Tako kot pri Orobancheju (Manen et al., 2004) si lahko istega gostitelja deli več nepovezanihCistanchevrste (npr. Haloxylon ammodendron je gostitelj za C. deserticola iz jugozahodnega azijskega klada in za C. phelypaea iz široko razširjenega klada). Primeri domnevne specializacije gostitelja (npr. C. senegalensis večinoma na Acacia/Fabaceae; predvsem Fabaceae kot gostitelji za C. Flava subsp. nov v primerjavi z večinoma Calligonum bungei/Polygonaceae za C. Flava subsp. Flava) lahko odražajo številčnost primernih gostiteljev vrst in ne pristne specializacije gostitelja. Preizkušanje kakršne koli vloge specializacije gostitelja za diverzifikacijo Cistanche bo zahtevalo dobro razrešeno filogenijo vrste in dovolj podrobne podatke o gostitelju.5. Sklepi
To je prva celovita molekularna filogenetska analiza rodu holoparazitskih rastlinCistanche, široko razširjen v sušnih regijah starega sveta. Znotraj štiri glavne kladeCistancheUgotovljeno je bilo, da le delno ustrezajo tradicionalno priznanim odsekom (Beck Mannagetta, 1930) in na splošno kažejo močno geografsko komponento. Medtem ko ima jugozahodnoazijski klad močno filogenetsko strukturo med in delno znotraj vrst (vzhodnoazijski in severozahodnoafriški klad sta monospecifična), je filogenetska ločljivost znotraj široko razširjenega klada pogosto nizka in jo ovirajo razlike med jedrnimi in plastidnimi markerji, ki vsaj delno je posledica hibridizacije/introgresije in/ali nepopolnega razvrščanja rodov. Molekularni filogenetski dokazi in rezultati morfološke ponovne oceneCistanchevrste kažejo, da je vrstna pestrost vCistancheje trenutno podcenjen (glej taksone, označene kot sp. nov. ali subsp. nov. v besedilu). Čeprav je treba nekatere vrste še vključiti v katero koli molekularno filogenetsko študijo (npr. C. mauritanica) in bodo potrebni dodatni označevalci za razrešitev vseh sorodstev vrst, zanesljive filogenetske hipoteze, predstavljene tukaj, zagotavljajo dragoceno osnovo za tekoče citogenetske, taksonomske in biogeografske raziskave. raziskav v tem rodu.
cistanche bienfaits
financiranje
To delo je delno podprl SYNTHESYS, ki ga je financirala raziskovalna infrastrukturna akcija Evropske skupnosti v okviru programa "Zmogljivosti" FP7 v Botánico Real Jardín (ES-TAF-1663). Univerzi v Bonnu, OeAD (Österreichische Austauschdienst) in DAAD (Deutscher Akademischer Austauschdienst) se zahvaljujemo za finančno podporo.
Izjava o avtorskem prispevku CrediT
Najibeh Ataei: Konceptualizacija, Urejanje podatkov, Formalna analiza, Pridobivanje sredstev, Preiskava, Administracija projekta, Vizualizacija, Pisanje - izvirni osnutek, Pisanje - pregled in urejanje. Gerald M. Schneeweiss: Konceptualizacija, Nadzor, Pisanje - pregled in urejanje. Miguel Angel García: Viri. Michael Krug: Formalna analiza. Marcus Lehnert: Pisanje - izvirni osnutek. JafarValizadeh: Viri. Dietmar Quandt: Konceptualizacija, Formalna analiza, Administracija projekta, Viri, Nadzor, Pisanje - pregled in urejanje
Zahvala
Zahvala gre Edit Korpinos, ki je nudila pomoč v laboratoriju Jodrell v Kewu, in kustosom herbarija (TARI, BM, IRAN, BONN, USB, P, TUH, E, W, KAS, MSB, K, B, G, PEY , M, UG, BR, GUH, MA, WU) za pošiljanje izposoj in fotografij. Zahvaljujemo se Susann Wicke za načrtovanje primerja in laboratorijsko podporo. Cenimo dr. Hosseina Akhanija z Univerze v Teheranu in gospe Robabeh Shahi Shavvon z Univerze Gilan za zagotovitev nekaj materiala DNK iz Irana. Hvaležni smo dr. FedericoLuebertu in Juliani Chacon z Inštituta Nees za njune koristne komentarje.
Reference:
Álvarez, I., Wendel, JF, 2003. Zaporedja ribosomskih ITS in filogenetsko sklepanje rastlin. Mol. Phylogenet. Evol. 29, 417–434. https://doi.org/10.1016/S1055-7903(03)00208-2.
Bailey, CD, Carr, TG, Harris, SA, Hughes, CE, 2003. Karakterizacija polimorfizma nrDNA kritosemenk, paralogije in psevdogenov. Mol. Phylogenet. Evol. 29, 435–455.
Baldwin, BG, Sanderson, MJ, Porter, JM, Wojciechowski, MF, Campbell, CS, Donoghue, MJ, 1995. ITS regija jedrske ribosomske DNA: dragocen vir dokazov o filogeniji kritosemenk. Ann. Missouri Bot. Gard. 82, 247–277.
Beck-Mannagetta, G., 1930. Orobanchaceae, v: Engler, A. (ur.), Das Pflanzenreich IV. 261. Wilhelm Engelmann, Leipzig, str. 1–348.
Bennett, JR, Mathews, S., 2006. Filogenija družine parazitskih rastlin Orobanchaceae na podlagi fitokroma A. Am. J. Bot. 93, 1039–1051.
Blanco-Pastor, JL, Vargas, P., Pfeil, BE, 2012. Koalescentne simulacije razkrivajo hibridizacijo in nepopolno razvrščanje linij v sredozemski linariji. PLoS ONE 7 (6), e39089.
Borsch, T., Quandt, D., 2009. Mutacijska dinamika in filogenetska uporabnost nekodirajoče DNA kloroplasta. Plant Syst. Evol. 282, 169–199.
Bravo, GA, Antonelli, A., Bacon, CD, Bartoszek, K., Blom, MPK, Huynh, S., Jones, G., Knowles, LL, Lamichhaney, S., Marcussen, T., Morlon, H. , Nakhleh, LK, Oxelman,
B., Pfeil, B., Schliep, A., Wahlberg, N., Werneck, FP, Wiedenhoeft, J., WillowsMunro, S., Edwards, SV, 2019. Sprejemanje heterogenosti: združevanje drevesa življenja in prihodnosti filogenomika. PeerJ 7, e6399.
Doyle, JJ, Doyle, J., 1987. Hiter postopek izolacije DNK za majhne količine svežega listnega tkiva. Phytochem. Bik. 19, 11–15.
N. Ataei, et al. Molekularna filogenetika in evolucija 151 (2020) 106898 8
Felsenstein, J., 1981. Evolucijska drevesa iz zaporedij DNK: pristop največje verjetnosti. J. Mol. Evol. 17, 368–376.
Felsenstein, J., 1985. Meje zaupanja v filogeniji: pristop z uporabo zagonskega sistema. Evolucija 39, 783–791.
Fu, W., Liu, X., Zhang, N., Song, Z., Zhang, W., Yang, J., Wang, Y., 2017. Preizkušanje hipoteze o več izvorih holoparazitov v Orobanchaceae: filogenetski dokazi iz zadnjih dveh neuvrščenih holoparazitskih rodov, Gleadovia in
Phacellanthus. Spredaj. Plant Sci. 8, 1380.
Han, J.-P., Song, J.-Y., Liu, C., Chen, J., Qian, J., Zhu, Y.-J., Shi, L.-C., Yao, H ., Chen, S.-L., 2010. IdentifikacijaCistanchevrste (Orobanchaceae) na podlagi zaporedij intergenske regije plastida psbA-trnH. Acta Pharmaceut. greh 45, 126–130.
Huelsenbeck, JP, Ronquist, F., 2001. MRBAYES: Bayesov sklep o filogenetskih drevesih. Bioinformatika 17, 754–755.
Kress, WJ, Wurdack, KJ, Zimmer, EA, Weigt, LA, Janzen, DH, 2005. Uporaba črtnih kod DNK za prepoznavanje cvetočih rastlin. Proc. Natl. Akad. Sci. ZDA 102, 8369–8374.
Li, X., Feng, T., Randle, C., Schneeweiss, GM, 2019. Filogenetska razmerja pri Orobanchaceae, sklepana na podlagi jedrnih genov z malo kopijo: konsolidacija glavnih kladov in identifikacija novega položaja nefotosintetičnega klada Orobanche sestra vseh drugih parazitskih Orobanchaceae. Spredaj. Plant Sci. 10, 902.
Li, X., Jang, T.-S., Temsch, EM, Kato, H., Takayama, K., Schneeweiss, GM, 2017. Molekularni in kariološki podatki potrjujejo, da je skrivnostni rod Platypholis z Bonin-Islands (JV Japonska) ) je filogenetsko ugnezdena znotraj Orobanche
(Orobanchaceae). J. Plant. Res. 130, 273–280.
Li, X., Zhang, T.-C., Qiao, Q., Ren, Z., Zhao, J., Yonezawa, T., Hasegawa, M., Crabbe, MJC, Li, J., Zhong, Y ., 2013. Celotno zaporedje genoma kloroplasta holoparazitaCistanchedeserticola (Orobanchaceae) razkriva izgubo gena in horizontalni gen
prenos iz gostitelja Haloxylon ammodendron (Chenopodiaceae). PLoS ONE 8, e58747.
Liu, X., Fu, W., Tang, Y., Zhang, W., Song, Z., Li, L., Yang, J., Ma, H., Yang, J., Zhou, C.,
Davis, CC, Wang, Y., 2020. Različne trajektorije razgradnje plastoma pri holoparazitihCistanchein genomska lokacija izgubljenih plastidnih genov. J. Exp. Bot. 71, 877–892.
Maddison, W., Knowles, LL, 2006. Sklepanje o filogeniji kljub nepopolnemu razvrščanju rodov. Syst. Biol. 55, 21–30.
Manen, J.-F., Habashi, C., Jeanmonod, D., Park, J.-M., Schneeweiss, GM, 2004. Filogenija in intraspecifična variabilnost holoparazitskih Orobanche (Orobanchaceae), sklepana iz zaporedij rbcL plastida. Mol. Phylogenet. Evol. 33, 482–500.
McNeal, JR, Bennett, JR, Wolfe, AD, Mathews, S., 2013. Filogenija in izvor holoparazitov v Orobanchaceae. Am. J. Bot. 100, 971–983.
Müller, J., Müller, KF, Neinhuis, C., Quandt, D., 2006. PhyDE – urejevalnik filogenetskih podatkov. http://www.phyde.de (dostopano 2. aprila 2019).
Müller, K., 2004. PRAP-izračun podpore Bremer za velike nize podatkov. Mol. Phylogenet. Evol. 31, 780–782.
Müller, K., 2005. SeqState: zasnova primerja in statistika zaporedja za nabore podatkov filogenetske DNK. Appl. Bioinform. 4, 65–69.
Nixon, KC, 1999. Parsimony ratchet je nova metoda za hitro analizo parsimonyja. Kladistika 15, 407–414.
Olsson, S., Buchbender, V., Enroth, J., Hedenäs, L., Huttunen, S., Quandt, D., 2009. Filogenetske analize razkrivajo visoko stopnjo polifilije med pleurokarpnimi linijami in novimi klasi. Bryologist 112, 447–466.
Park, J.-M., Manen, J.-F., Colwell, AE, Schneeweiss, GM, 2008. Filogenija plastidnega gena nefotosintetičnega parazita Orobanche (Orobanchaceae) in sorodnih rodov. J. Plant Res. 121, 365–376.
Payseur, BA, Rieseberg, LH, 2016. Genomski pogled na hibridizacijo in speciacijo. Mol. Ecol. 25, 2337–2360.
Quandt, D., Müller, K., Huttunen, S., 2003. Karakterizacija regije psbTH kloroplastne DNA in vpliv diadnih simetričnih elementov na filogenetske rekonstrukcije. Plant Biol. 5, 400–410. https://doi.org/10.1055/s-2003-42715.
Rambaut, A., Drummond, AJ, Xie, D., Baele, G., Suchard, MA, 2018. Posteriorno povzemanje Bayesove filogenetike z uporabo Tracer 1.7. Syst. Biol. 67, 901–904.
Rieseberg, LH, Carney, SE, 1998. Rastlinska hibridizacija. Novi Phytol. 140, 599–624.
Rodrigues, AG, Colwell, AEL, Stefanovic, S., 2011. Molekularna sistematika parazitskega rodu Conopholis (Orobanchaceae) na podlagi plastidnih in jedrnih sekvenc. Am. J. Bot. 98, 896–908.
Ronquist, F., Huelsenbeck, JP, 2003. MrBayes 3: Bayesov filogenetski sklep pod mešanimi modeli. Bioinformatika 19, 1572–1574.
Schneeweiss, GM, 2013. Filogenetski odnosi in evolucijski trendi pri Orobanchaceae, v Joel, DM, Gressel, J., Musselman, LJ (ur.), Parazitic Orobanchaceae. Springer, Berlin Heidelberg, str. 243–265.
Schneeweiss, GM, Colwell, A., Park, J.-M., Jang, C.-G., Stuessy, TF, 2004a. Filogenija holoparazitske Orobanche (Orobanchaceae), sklepana iz jedrskih ITS sekvenc. Mol. Phylogenet. Evol. 30, 465–478.
Schneeweiss, GM, Frajman, B., Dakskobler, I., 2009. Orobanche lycoctoni Rhiner (Orobanchaceae), slabo poznana vrsta srednjeevropske flore. Candollea 64, 91–99.
Schneeweiss, GM, Palomeque, T., Colwell, AE, Weiss-Schneeweiss, H., 2004b. Kromosomska števila in razvoj kariotipa pri holoparazitskih Orobanche (Orobanchaceae) in sorodnih rodovih. Am. J. Bot. 91, 439–448.
Schneider, AC, Colwell, AEL, Schneeweiss, GM, Baldwin, BG, 2016. Kriptična raznolikost, specifična za gostitelja, med metlikami na zahodni polobli (Orobanche sl, Orobanchaceae). Ann. Bot. 118, 1101–1111.
Simmons, MP, Ochoterena, H., 2000. Vrzeli kot znaki v filogenetskih analizah, ki temeljijo na zaporedju. Syst. Biol. 49, 369–381.
Stamatakis, A., 2014. RAxML, različica 8: Orodje za filogenetsko analizo in naknadno analizo velikih filogenij. Bioinformatika 30, 1312–1313.
Stöver, BC, Müller, KF, 2010. TreeGraph 2: združevanje in vizualizacija dokazov iz različnih filogenetskih analiz. BMC Bioinf. 11, 7.
Sun, ZY, Song, JY, Yao, H., Han, JP, 2012. Molekularna identifikacijaCistanchesHerba in njeni primesi na osnovi zaporedja nrITS2. J. Med. Plant Res. 6, 1041–1045.
Swofford, DL, 1999. PAUP*4.0 Beta za Macintosh: Phylogenetic Analysis Using Parsimony. Sinauer Associates, Sunderland, MA.
Taberlet, P., Gielly, L., Pautou, G., Bouvet, J., 1991. Univerzalni primerji za pomnoževanje treh nekodirajočih regij kloroplastne DNA. Rastlina Mol. Biol. 17, 1105–1109. Tomari, N., Ishizuka, Y., Moriya, A., Kojima, S., Deyama, T., Coskun, M., Tu, P.,
Mizukami, H., 2003. Farmakognostične študije filogenetskega razmerja Cistanchis Herba (IV)Cistancherastline na osnovi plastidnega gena rps2 in zaporedja medgenih distančnih regij rpl16-rpl14. Natur. Med. 57, 233–237.
Tomari, N., Ishizuka, Y., Moriya, A., Kojima, S., Deyama, T., Mizukami, H., Tu, P., 2002. Farmakognostične študije filogenetskega razmerja Cistanchis Herba (III)Cistancherastline na osnovi plastidnega gena rps2 in rpl16-rpl14 medgenih distančnih sekvenc. Biol. Pharm. Bik. 25, 218–222.
Vrancken, J., Wesselingh, RA, 2010. Dedovanje genoma kloroplasta pri Rhinanthus angustifolius (Orobanchaceae). Plant Ecol. Evol. 143, 239–242.
Wang, X.-Y., Xu, R., Chen, J., Song, J.-Y., Newmaster, SG, Han, J.-P., Zhang, Z., Chen, S.-L. , 2018. OdkrivanjeCistanchesZdravila Herba (Rou Cong Rong), ki uporabljajo vrstno specifične nukleotidne podpise. Spredaj. Plant Sci. 9, 1643.
Weiss-Schneeweiss, H., Greilhuber, J., Schneeweiss, GM, 2006. Razvoj velikosti genoma pri holoparazitskih Orobanche (Orobanchaceae) in sorodnih rodovih. Am. J. Bot. 93, 148–156.
Westwood, JH, Yoder, JI, Timko, MP, dePamphilis, CW, 2010. Razvoj parazitizma v rastlinah. Trends Plant Sci. 15, 227–235.
White, T., Bruns, T., Lee, S., Taylor, J., 1990. Pomnoževanje in neposredno sekvenciranje glivičnih ribosomskih genov RNA za filogenetiko. V: Innis, M., Gelfand, D., Shinsky, J., White, T. (ur.), Protokoli PCR: Vodnik po metodah in aplikacijah. Akademski
Press, London, str. 315–322.
Wicke, S., 2013. Genomska evolucija pri Orobanchaceae. V: Joel, DM, Gressel, J., Musselman, LJ (ur.), Parasitic Orobanchaceae. Springer, Berlin Heidelberg, str. 267–286.
Wicke, S., Müller, KF, dePamphilis, CW, Quandt, D., Wickett, NJ, Zhang, Y., Renner,
SS, Schneeweiss, GM, 2013. Mehanizmi funkcionalne in fizične redukcije genoma v fotosintetskih in nefotosintetskih parazitskih rastlinah iz družine brnisterja. Rastlinska celica 25, 3711–3725.
Wicke, S., Müller, KF, dePamphilis, CW, Quandt, D., Bellot, S., Schneeweiss, GM, 2016. Mehanski model variacije evolucijske hitrosti na poti do nefotosintetičnega načina življenja v rastlinah. Proc. Natl. Akad. Sci. ZDA 113, 9045–9050.
Wickett, NJ, Honaas, LA, Wafula, EK, Das, M., Huang, K., Wu, B., Landherr, L., Timko, MP, Yoder, J., Westwood, JH, dePamphilis, CW, 2011 Transkriptomi družine parazitskih rastlin Orobanchaceae razkrivajo presenetljivo ohranitev klorofila
sinteza. Curr. Biol. 21, 2098–2104.
Wolfe, AD, Randle, CP, Liu, L., Steiner, KE, 2005. Filogenija in biogeografija Orobanchaceae. Folia Geobot. 40, 115–134.
Worberg, A., Quandt, D., Barniske, A.-M., Löhne, C., Hilu, KW, Borsch, T., 2007. Filogenija bazalnih evdikotov: vpogled v nekodirano in hitro razvijajočo se DNK. Orgle. Potapljači. Evol. 7, 55–77.
Young, ND, Steiner, KE, dePamphilis, CW, 1999. Razvoj parazitizma pri Scrophulariaceae/Orobanchaceae: zaporedja plastidnih genov ovržejo serijo evolucijskih prehodov. Ann. Missouri Bot. Gard. 86, 876–893.
Zhang, ZY, 1990. Orobanchaceae, v: Wang, W. (ur.), Flora Reipublicae Popularis Sinica, vol. 69. Bejing, Science Press, str. 69–124.
Zhang, ZY, Tzvelev, NN, 1998. Orobanchaceae, v: Wu, ZY, Raven, PH (ur.), Flora Kitajske, vol. 18 (Scrophulariaceae do Gesneriaceae). Science Press, Peking, in Missouri Botanical Garden Press, St. Louis, MI, str. 229–243.
Zheng, S., Jiang, X., Wu, L., Wang, Z., Huang, L., 2014. Kemična in genetska diskriminacijaCistanchesHerba temelji na UPLC-QTOF/MS in črtnem kodiranju DNK. PLoS ONE 9 (5), e98061.